本发明公开了一种冻土渗透系数测量系统，包括：恒温箱；试验仓，设于恒温箱内，其侧壁分别设置有多个孔压传感器和多个温度传感器，试验仓的侧壁内设置有循环通道，循环通道的进口、出口均与冷浴相连接；下样品仓，固定于试验仓内的下部；阳极金属板，设于下样品仓内的底部；未冻水源段，设于下样品仓内；下渗透限位板，设于下样品仓的顶部；渗透测试段，设于试验仓内且位于下渗透限位板上；上渗透限位板，设于渗透测试段上；上限位环，固定于试验仓内的上部；流量计量段，设于上限位环内；阴极金属板，设于上限位环内，其上设置有多个位移传感器；阳极金属板、阴极金属板均与直流稳压电源相连接。本发明能够精确测量获得更准确的冻土渗透系数。