本发明公开了基于能量动态平衡的通风冷却类冻土路基控制方法和系统，方法包括：构建吸热量预测模型；将冻土路基的工况组合输入吸热量预测模型，得到冻土路基的预测吸热量，根据预测吸热量控制制冷系统工作；所述吸热量预测模型基于公式矩阵的种子点算法构建；拟合冻土路基已知工况组合下的吸热量随时间变化的曲线，得到已知拟合公式；以已知工况组合作为已知种子点的坐标，已知拟合公式作为所述已知种子点的索引公式，建立公式矩阵；通过公式矩阵的已知种子点和索引公式计算新种子点对应的预测拟合公式，再根据预测拟合公式计算预测吸热量。本发明通过预测吸热量来控制冻土路基制冷系统的工作效率，达到节能降耗的效果。