本发明公开了一种冻土区温室气体通量监测方法，包括将监测单元放置在待监测的冻土区域；将监测的定体积的温室气体记作目标气体；实时检测监测单元内外环境中的温度，监测单元接收监测单元内外环境中的温度，判断监测单元内外环境中的温度是否一致，以设定目标气体检测的触发条件；当满足触发条件时，实时检测监测单元抽取的目标气体的浓度，当相邻两次触发条件实现后；检测单元与待监测的冻土区域解除密闭条件，在固定的时间段后再次循环上述步骤，该装置能在监测单元内外部环境一致的情况进行气体通量的监测，监测中待检测区域的温室气体与外部温室气体处于隔绝的状态，从而能够模拟自然环境状态下冻土区域的温室气体的气体通量。